Vielen Dank an alle für die angeregte (und anregende) Diskussion.
Ich würde die Stammseiten-Variante bevorzugen, denn bei einem PDF-Export würde bei der Grafikobjekt-Variante doch die Seitenzahl im Dokument landen, auch wenn sie von dem Rechteck überdeckt ist. Mein Bauchgefühl sagt mir, dass es bestimmt eine Situation gibt, in der genau das nicht erwünscht ist. 
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Guter Einwand. Hab es gerade mit einem PDF-Editor geprüft und die Elemente sind in der Tat nicht “reduziert”, das Rechteck und die Seitenzahl sind also vorhanden. Wer weiß, ob es da in irgendeiner Druckereisituation Probleme gibt.
Falls das so wäre, würde ich aber um sämtliche Bild- und Grafikelemente fürchten … wie gesagt, ich verwende Papyrus (bisher) nicht zum Gestalten, aber eine solche Kleinigkeit sollte das Programm doch ohne Probleme und Fehler hinbekommen.
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Ein PDF mit Ebenen wird ja (sofern nicht schon beim Erstellen) von der Druckerei „reduziert“. Normalerweise sollte das auch keine Probleme geben, aber wer weiß …
Okay - da ich überlege Indesign abzuschaffen und für die Buchgestaltung auf Papyrus umzusteigen, wäre ich schon froh, Genaueres darüber zu wissen. Wenn man sich nicht darauf verlassen könnte, wäre es ja für Gestaltungszwecke unbrauchbar.