Das mit den Kommentaren habe ich nicht geprüft. Ich habe rtf gewählt, weil das von Papyrus selbst konvertiert wird und zum Testen des Skripts bzw. Kommandos wesentlich schneller ging.
.docx erzeugt Papyrus meines Wissens nach mithilfe eines Import/Export-Filters von LibreOffice. Vermutlich konvertiert Papyrus zuerst pap in rtf und lässt dieses vom Filter nach .docx oder auch .odt konvertieren. Das dauert aber erheblich länger.
Wenn der Weg von pap zu rtf zu docx so abläuft wie gedacht, dann müssten die Kommentare bereits im rtf enthalten sein.
Ja, kann man machen. Da Papyrus kein AppleScript versteht, wäre eine Automator-Prozedur letztlich nur ein Überbau für das oben gezeigte Shellskript.