Ja, jeder arbeitet offenbar anders 
Mich killt die Vorstellung, in einem Ordner irgendwann 56 verschiedene Dokumente herumliegen zu haben und wenn ich nach einer bestimmten Stelle suche, irgendwann 13 Dokumente öffnen zu müssen. Aktuell habe ich 3 (davon 2 unfertige) Bücher in einem Dokument, in Summe sind es momentan 700 Seiten, oder ungefähr 250.000 Wörter Daumen mal Dreh, und ich finde alles super schnell, was ich suche.
Der Navigator ist ein unfassbar mächtiges Werkzeug, wenn man sich damit ein wenig auseinandersetzt - und auch hier arbeitet jeder wahrscheinlich ziemlich unterschiedlich. Aber verschiedene Kapiteln anzulegen, diese zu taggen, Unterkapitel anzulegen, auch diese taggen zu können, die Unterkapitel in Szenen und Schlüsselmomente zu unterteilen (und ja, auch diese zu taggen) usw … ich könnte nichts mehr in Word außer einem Brief schreiben, ohne das Gefühl zu haben, mich zu verirren.
Also ja, arbeite mit Kapiteln und Szenen. Du kannst sie mit Symbolen ala Kampf, Romanze usw markieren, ich hingegen markiere sie nach Fertigstellungsstand. Dadurch sehe ich auf den ersten Blick, wo ich noch arbeiten muss und hab immer einen guten Überblick, wie viel Arbeit noch vor mir liegt. Außerdem lassen sich Kapitel ganz easy per drag & drop verschieben - nicht alles, was geschrieben wird ist chronologisch fortschreitend.
Du wirst am Ende nicht umhin kommen, alles in ein (Schluss)Dokument zusammen zu fassen.
Aber mein wichtigster Tipp wäre: nimmt dir Zeit und beschäftige dich damit. Lass dich nicht entmutigen, wenn du auf die ein oder andere Art nicht zurande kommst. Ich hab auch viel herumprobiert, bis ich das richtige System für mich gefunden habe. Aber diese Freiheit, so kreativ mit dem Programm arbeiten zu können, ist für mich das beste Feature. Es gibt kein richtig und kein falsch.