Ich bin gerade fast vom Stuhl gefallen.
Beim Anschauen weiterer Tutorialvideos habe ich einfach mal den Organizer geöffnet. Dann fiel mir auf, dass meine Figuren merkwürdigerweise in den Szenen und Kapiteln vermerkt sind … also schloss ich ihn wieder. Und siehe da: Die Verlinkungen sind da! Einfach so! 
Ich verstehe es nicht, aber beschweren will ich mich auch nicht.
Also, anscheinend könnte mein Problem behoben sein. Vielleicht hilft euch dieser Fall aber trotzdem bei der Optimierung weiter 
Vielen Dank