Man sollte für ein E-Book überhaupt gar kein Inhaltsverzeichnis anlegen - das macht ein E-Book normalerweise strukturell von ganz alleine.
Weiterhin hat ein E-Book gar keine Seiten, eine Seitenzahl-Angabe ergibt also überhaupt keinen Sinn. ich würde tatsächlich einfach das händisch angelegte Inhaltsverzeichnis löschen.
Wieso das mit den Seitenzahlen doppelt auftaucht, können wir nur sagen, wenn wir das Dokument per Mail geschickt bekommen.